华大揭秘口腔菌群全貌：登上Nature子刊！

      近日，深圳华大生命科学研究院在国际学术期刊《自然》子刊（npj Biofilms and Microbiomes）发表了题为“A catalog of bacterial reference genomes from cultivated human oral bacteria”的大规模口腔微生物资源的最新研究成果，构建了包括1089株人体口腔可培养菌株的高质量基因组集合，揭示了口腔可培养细菌的全貌。

      我们的口腔是各种微生物的家园，是仅次于肠道的人体第二大微生物栖息地。多样且复杂的口腔微生态系统与人体的健康及疾病密切相关，一旦口腔微生物组生态失衡则很有可能诱发多种疾病，包括龋齿、牙周炎等口腔疾病，以及II型糖尿病、心血管疾病、类风湿性关节炎等全身性疾病。

      然而，对于这些菌群的研究仍然面临许多挑战，因为其中的许多菌种尚未被鉴定和分类。培养组学是一种利用大规模培养的策略，对获得大量微生物代表菌株资源、破译未知人类微生物具有重要作用，可以在某些方面弥补宏基因组学方法的不足。华大研究团队长期致力于通过培养的手段，对人体共生微生物进行大规模研究，前期的肠道微生物资源库构建在《自然·生物技术》（Nature Biotechnology）和《自然·通讯》（Nature Communications）发表。

      在这次研究中，华大团队对来自唾液、舌苔、牙菌斑三个部位共计39个样本的细菌，进行了大规模的分离和培养，培养得到超过2000个口腔细菌菌株，并通过基因测序技术分析了这些菌的基因组，最终获得1089个高质量基因组。其中包含的基因组数据涵盖了人体口腔微生物的195个物种，其中将近一半的物种，是之前未曾被分类学表征过潜在新种，进一步填补了口腔培养组资源的空白。

      这项研究的主要作者之一，邹远强博士表示：“我们的研究揭示了口腔微生物的多样性，特别是那些尚未被分类的未知菌种。我们对这些菌种进行了基因组测序和功能预测，发现它们具有许多独特的生理代谢特征。我们希望通过进一步的研究，揭示它们在口腔健康和疾病中的作用。我们的研究还揭示了口腔菌群在不同个体之间的显著差异，这可能会为个性化的口腔健康管理提供新的思路。”

      肖亮博士也强调，虽然构建的参考目录已经非常全面，但我们仍然需要继续探索和研究。他说：“我们相信，我们的工作只是开启了一个新的章节，未来还有更多的未知等待我们去发现和理解。”

      为了便于全球的科研工作者使用，这份“人类口腔培养细菌基因组参考目录 (COGR)”，我们也可以称之为“口腔微生物的百科全书”，已经对外公开，任何人都可以在网上免费获取和使用这份目录。

      虽然我们的口腔里有这么多的微生物，但并不是所有的微生物都是坏的。相反，大多数微生物都是我们身体的好朋友，它们帮助我们消化食物，保护我们的口腔健康，比如唾液链球菌，是口腔中的一类有益菌，合成的唾液分泌素可抑制口腔病原体的生长；另外这次研究还发现口腔内的微生物可以对膳食纤维进行初步的消化，打破了以往膳食纤维要被肠道内微生物消化的认知。